빨간 알약과 함께 이상한 나라의 정체에 한발 다가선 네오 만일, 예언이 사실이라면...? 1편의 엔딩 크레딧과 함께 인류를 구원해야 하는 자신의 운명을 받아들이며 하늘로 날아오른 네오. 내일 이 전쟁이 끝난다면, 한번 싸워 볼만하지 않을까...? 목숨도 걸어 볼만 하지 않을까...? 모피어스와 트리니티가 전에 자신에게 던졌던 질문을 스스로에게 던져보는 네오는 마침내, 중대한 결정을 내린다. 진실을 찾아내, 받아들이자, 매트릭스로부터 나의 정신을 해방시키자.